С моей точки зрения, частоту лучше в процессе работы не менять вообще (если не требуется каких-то очень "тяжелых" алгоритмов типа чистки шумов и т.п.). То есть, писАть на той же частоте, на которой и будет окончательный вариант. Если это видео - скорее всего, частота будет 48000. Хотя, в данной ситуации можно использовать и частоту 96000, поскольку, при даунсемлинге до 48000 коэффициент деления будет самым "адекватным" - ровно пополам. Соответственно, если речь идет о CD - то польза от 96000 уже не так очевидна: для того, чтобы "привести" потом готовый проект к 44100, потребуется более "проблематичный" пересчет, при котором появятся разного рода погрешности, шумы, искажения. А вот что касается битности - здесь есть смысл писАть с более высокой битностью (притом, я опять-таки, сторонник целых коэффициентов: т.е. если уже более высокая битность - то 32), а затем приводить к 16-битному варианту.
я
Что же до АА, то мне новые версии (пока что пробовал только CS5.5) не приглянулись. С грустью отметил для себя, что тех улучшений, которых я от них ждал - внесено НЕ БЫЛО. Опять перевернули весь интерфейс с ног на голову, добавили каких-то ИМХО сомнительных наворотов, а то, что ТРЕБОВАЛОСЬ исправить и улучшить - так и осталось нетронутым. Даже думаю переучиваться с АА (с милой моему сердцу "троечки" ) на новые хосты типа Пресонуса...

А Протулз, Лоджик?

А вот что касается битности - здесь есть смысл писАть с более высокой битностью (притом, я опять-таки, сторонник целых коэффициентов: т.е. если уже более высокая битность - то 32), а затем приводить к 16-битному варианту.

Исходник писать действительно надо с возможно большей разрядностью. Только 32 бит сейчас пока ещё ни у какого АЦП нет. Максимум 24, да и те, как правило, не все честные. В целочисленном 32-битном формате 8 бит будет заполнено в зависимости от выравнивания либо нулями либо мусором. В 32-битном с плавающей запятой под сигнал вообще отведено только 24 бита, а остальные 8, так сказать, вспомогательные, служебные. Посему 24 бита в наше время вполне достаточно и при этом вполне разумно.
По поводу частоты дискретизации, конечно, хорошо, если карта поддерживает частоту 88.2 кГц для проектов с частотой 44.1, но в принципе, можно писать и сразу в 44.1, это не смертельно.

Исходник писать действительно надо с возможно большей разрядностью. Только 32 бит сейчас пока ещё ни у какого АЦП нет. Максимум 24, да и те, как правило, не все честные. В целочисленном 32-битном формате 8 бит будет заполнено в зависимости от выравнивания либо нулями либо мусором. В 32-битном с плавающей запятой под сигнал вообще отведено только 24 бита, а остальные 8, так сказать, вспомогательные, служебные. Посему 24 бита в наше время вполне достаточно и при этом вполне разумно.
По поводу частоты дискретизации, конечно, хорошо, если карта поддерживает частоту 88.2 кГц для проектов с частотой 44.1, но в принципе, можно писать и сразу в 44.1, это не смертельно.

Для стандарта DVD-Audio например. Вы его часто слушаете?

вот и я тоже нечасто.
А стараниями маркетологов нам навязывается необходимость таких характеристик, хотя на деле их низкобюджетное оборудование (а высокобюджетное не особо рекламируется ибо реклама ему не нужна) не может обеспечить в должной мере этих характеристик. То есть по циферкам то вроде все совпадает, а звук увы нехорош. Хороший оцифровщик легко уделает по качеству звука тот же Echo или M-audio даже если эти карты будут записывать звук в 96/24, а хороший оцифровщик в 44.1/16.